在公司工作两年后生病，首先要清楚自己享有的医疗期和病假工资等权益。按工作年限，通常能享受3个月医疗期，病假期间单位须支付病假工资。
1. 若疾病因工作原因引发（如职业病，或工作时间、场所因工作突发疾病），可依法申请工伤认定。认定后能享受工伤保险待遇，包括医疗费用报销、停工留薪期工资等；若单位未缴工伤保险，相关费用由单位承担。
2. 若疾病与工作无关，仍可享受法定医疗期。医疗期内单位不得解除劳动合同，且须按规定支付病假工资（不低于当地最低工资标准的80%，具体比例或因地区规定有差异）。
3. 医疗期满后若无法从事原工作，也不能胜任单位安排的其他工作，单位可提前30日书面通知或支付代通知金后解除劳动合同，但需支付经济补偿金（工作两年按2个月工资计算）。
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在公司工作两年后生病，以下特殊情况或例外情形可能影响问题处理：
1. 疾病属于《职业病分类和目录》外的职业相关性疾病。若疾病与工作环境或内容有关，但未被列入法定职业病目录，工伤认定可能无法通过，此时只能按普通病假处理：医疗费用用医保报销，病假工资按普通标准发放，权益保障程度低于工伤。
2. 存在虚假病假行为。若为获取更长假期或其他利益伪造病假证明，单位发现后可依据规章制度认定为严重违纪，有权解除劳动合同且无需支付经济补偿；您还可能因提供虚假证明承担法律责任，影响后续就业和信用记录。
3. 单位未依法缴纳社会保险。此时医疗费用无法通过医保报销，病假工资也可能因单位经营困难难以足额获得；即便申请劳动仲裁，单位可能因缺乏支付能力导致权益难以兑现，处理难度显著增加。
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关于在公司工作两年生病后的工伤认定，《工伤保险条例》第十四条有明确规定：“职工有下列情形之一的，应当认定为工伤：（一）在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的；（四）患职业病的；（七）法律、行政法规规定应当认定为工伤的其他情形。” 若您在工作期间因工作原因（如长期接触有毒有害物质患职业病，或工作时间、岗位突发疾病且48小时内抢救无效死亡）生病，符合上述第（四）项或其他相关情形，即可认定为工伤，享受工伤保险待遇。例如，若您从事粉尘污染工作，经诊断患尘肺病，属于患职业病，应认定为工伤，单位需协助您申请工伤认定并承担相应责任。
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在公司工作两年后生病，可能面临以下法律风险：
1. 单位拒付或不足额支付病假工资的风险。若单位以影响工作效率为由拒付病假工资，或仅按当地最低工资标准的50%支付（低于法定80%标准），您将面临经济损失。例如，当地最低工资标准2000元，您休3个月病假，单位每月仅支付1000元，每月少得600元，3个月共损失1800元。
2. 单位违法解除劳动合同的风险。若您尚在3个月医疗期内，单位以无法正常工作为由直接解除劳动合同，属于违法解除。您可主张赔偿金（工作两年按4个月工资计算），但需通过劳动仲裁等程序维权，过程耗时费力，还可能影响后续就业。

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